基金会尊重每位捐赠人的意愿，可以不指定用途，由基金会统一管理并根据西湖大学的发展，由基金会理事会按照国家规定及基金会章程调配资金。捐赠人也可以指定基金用途，例如基金可定向用于人才引进或者定向支持其属意的院系。基金会将根据捐赠人的意愿与捐赠人签署捐赠协议。